1989 – Setelah merebaknya isu kontaminasi suatu produk dengan bahan turunan babi, pemerintah Indonesia memberikan mandat Majelis Ulama Indonesia (MUI) untuk berperan aktif membantu meredam isu tersebut. Berawal dari mandat tersebut, MUI bekerjasama dengan Institut Pertanian Bogor mendirikan Lembaga Pengkajian Pangan, Obat-obatan dan Kosmetika MUI (LPPOM MUI) pada 6 Januari 1989. Pendirian Lembaga ini ditujukan untuk menjadi garda terdepan dalam memastikan kehalalan produk.

1991 – Seiring dengan perjalanannya dan dalam rangka menjamin kehalalan produk, LPPOM MUI memulai karirnya sebagai Lembaga Sertifikasi Halal pertama di Indonesia dan menerbitkan sertifikat halal pertamanya pada tahun 1991. Sertifikasi halal ini disambut dengan sangat baik oleh pelaku usaha, terutama mereka yang ingin menjamin kehalalan produknya dan meningkatkan nilai ekonomi produk mereka di masyarakat.

1995 – Guna menjangkau pelaku usaha di seluruh wilayah Indonesia, LPPOM MUI mengembangkan diri dengan membuka kantor cabang pertamanya pada 1995. Dengan peningkatan kebutuhan sertifikasi halal dari pelaku usaha. Hingga kini, LPPOM MUI telah memiliki 34 kantor cabang yang tersebar hampir di seluruh provinsi di Indonesia. Keberadaan kantor cabang LPPOM MUI ini membantu pelaku usaha mikro dan kecil untuk dapat menjamin kehalalan produknya.

1999 – LPPOM MUI di bawah kepemimpinan Prof Dr. Hj. Aisjah Girindra menjadi pelopor pendirian World Halal Council di Jakarta pada tahun 2019. WHC didirikan dengan tujuan untuk menstandardisasi sertifikasi halal serta akreditasi dan pengakuan lembaga sertifikasi halal (LSH) di seluruh dunia. Dalam perjalanannya, LPPOM MUI juga membentuk World Halal Food Council untuk tujuan yang lebih berkenaan dengan produk makanan halal.

2011 – Sertifikasi halal tidak hanya diperlukan oleh pelaku usaha di Indonesia, tetapi juga oleh pelaku usaha di luar negeri. Kebutuhan sertifikasi halal dalam negeri turut menjadi pendorong terbentuknya rantai bahan dan produk halal. Peluang ini banyak dimanfaatkan oleh pelaku usaha di Tiongkok untuk mengembangkan usahanya di pasar halal global. Untuk menjawab kebutuhan tersebut, LPPOM MUI membuka kantor perwakilan pertamanya di Shanghai, Tiongkok.

2012 – Berbekal pengalaman lebih dari 20 tahun saat itu, pada tahun 2012, LPPOM MUI meluncurkan standar sistem jaminan halal HAS 23000. Dengan standar tersebut, LPPOM MUI menjadi Lembaga sertifikasi halal pertama di dunia yang mempersyaratkan penerapan sistem jaminan halal. Kini, HAS 23000 tidak hanya menjadi pedoman mitra LPPOM MUI untuk memperoleh sertifikat halal, tetapi juga diadopsi oleh beberapa LSH dunia untuk menerbitkan sertifikat halal. Guna mendukung kemudahan proses sertifikasi halal, LPPOM MUI di tahun yang sama juga meluncurkan sistem registrasi online CEROL.

2014 – Pengujian laboratorium diperlukan untuk mendukung hasil sertifikasi halal, seperti kandungan bahan turunan babi, kandungan etanol, uji tembus air untuk kosmetika, dan lain-lain. Oleh karena itu, pada tahun 2014, LPPOM MUI mendirikan Laboratorium Halal. Saat ini, Laboratorium Halal LPPOM MUI tidak hanya melayani pengujian terkait kehalalan produk, tetapi juga melayani pengujian terkait aspek keamanan produk.

2015 – 2017 – LPPOM terus mengembangkan sayapnya untuk menjangkau dan memfasilitasi kebutuhan pelaku usaha di seluruh dunia. Untuk itu, LPPOM MUI membuka kantor perwakilan di beberapa negara lain, seperti Korea dan Taiwan.

2018 – 2019 – Dinamika sertifikasi halal tidak hanya terjadi di Indonesia, tetapi juga di beberapa negara, seperti Uni Emirat Arab, Arab Saudi, Turki, dll. Beberapa negara mempersyaratkan akreditasi Lembaga sertifikasi halal guna pengakuan sertifikat halal yang diterbitkan. Menjawab tantangan tersebut, LPPOM MUI senantiasa berusaha memberikan layanan terbaik dengan dokumen yang diakui di seluruh dunia. Untuk itu, LPPOM MUI menjadi lembaga di Indonesia yang pertama memperoleh akreditasi ISO/IEC 17065:2012 serta UAE.S 2055:2 2016. Saat ini LPPOM MUI juga tengah berusaha untuk memperoleh akreditasi dari otoritas negara lainnya.

Sejak diterbitkannya Undang-undang Republik Indonesia No. 33 Tahun 2014 tentang Jaminan Produk Halal, kini LPPOM MUI mengambil peran sebagai Lembaga Pemeriksa Halal pertama di Indonesia dan terus aktif dalam melaksanakan pemeriksaan kehalalan produk.